1- مديرية مكتب رئيس الهيئة :
تتولى جميع الأعمال التنظيمية الخاصة بتنظيم أعمال واجتماعات المجلس الأعلى والمجلس الاستشاري ورئيس الهيئة.
دائرة أمانة سر رئيس الهيئة
دائرة العلاقات العامة والإعلام : شعبة العلاقات العامة والإعلام
دائرة الجودة والتنسيق : شعبة إدارة المعرفة ومشاركتها والجودة والتنسيق
دائرة الرقابة الداخلية
مكتب الجاهزية
2- مديرية المرصد الإقليمي :
هي جهاز متخصص يعمل بمشاركة القطاع العام والخاص بالإضافة إلى المجتمع الأهلي لينتج إطاراً للمؤشرات تعبر عن اهتمامات هذه القطاعات في عملية التنمية في الإقليم مع تحديد للأولويات، وتتم كل تلك الإجراءات وفق منظومة تكاملية مترابطة ومتشابكة في إطار أمن معلوماتي قوي يضمن سرية الاطلاع على المعلومات.
دائرة بنك المعلومات : شعبة جمع البيانات والتطوير وبرمجة قواعد البيانات
دائرة نظم المعلومات الجغرافية : شعبة التصميم والتنسيق وتحليل الأنظمة
دائرة التنسيق والاتصال والرصد والتحقق
3- مديرية المشاريع المكانية وتحفيز التنمية :
تقييم كل من مبادرات القطاعين العام والخاص، ومدى تلاؤمها مع المعطيات المكانية المتاحة أو مع الخطط والتوجهات الإقليمية، يطرح ذلك على الهيئة مهمة تنظيم الاستثمارات الحكومية من جهة، لتحقيق أهداف تنموية تتناسب مع الأهداف الوطنية لتنمية المناطق الأقل حظاً، كما يطرح على الهيئة مهمة جدولة أجندة القطاع الخاص الربحية بطريقة تفيد المجتمع المحلي وتتلاءم مع خطط الاستثمار الحكومي أيضاً.
دائرة المشاريع العامة والمشاريع الخاصة : شعبة المشاريع العامة / شعبة المشاريع الخاصة
دائرة تحفيز التنمية
4- مديرية الدراسات والخطط المكانية :
يرتبط عمل المديرية بالمسؤوليات التخطيطية الأساسية للهيئة التي اناطها بها القانون 26 لعام 2010، وتشرف المديرية على عملية التخطيط المكاني على المستويات العليا للدولة بهدف تزويد الحكومة بمؤشرات كلية تتبع من معطيات الحيّز السوري ككل، ويبقى هذا المستوى من الدراسات الاستراتيجية ضمن نطاق عمل كوادر الهيئة مع إضافة الخبرات والإسهامات المناسبة. إحدى المهام الأساسية للمديرية إجراء كافة الدراسات المكانية على مستوى الخارطة الوطنية، سواء أكانت خططاً وطنية قطاعية تختص بجانب تنموي مع ترابطاته المنطقية مع التخصصات الأخرى، أو الدراسات التي تعتمد منهج التخطيط الإقليمي ولكن على مقياس وطني والتي اصطلح على تسميتها بالإطار الوطني، وبالتالي إعداد الإطار الوطني وتحديثه.
دائرة الخطط الوطنية : شعبة الإطار الوطني والدراسات القطاعية / شعبة الأسس والمعايير
دائرة الدراسات والبحث والتطوير : شعبة البحث / شعبة السياسات والبرامج وخطط العمل
5- مديرية المعلوماتية :
تتولى جميع الأعمال المتعلقة بمتابعة الدعم المعلوماتي والتقني لكافة مديريات الهيئة.
دائرة الشبكة المعلوماتية والبرمجة : شعبة إدارة الشبكة والنسخ الاحتياطي
دائرة الدعم الفني والتدريب
6- مديرية الخطط الإقليمية :
تعمل على الاهتمام بكافة المستويات التخطيطية الإقليمية والقطاعية ما دون مستوى عمل الإطار الوطني، يتم إعداد الدراسات المكانية هذه في إطار المديرية، أو من خلال عقود خارجية، وبالتالي فإن إحدى المهام الأساسية للمديرية إعداد الدراسات الإقليمية وتحديثها بشكل دوري، وضمان الاستعمال الأمثل للأرض مع إبراز الحاجة إلى حماية الأراضي ذات الأهمية الإقليمية.
دائرة الدراسات الإقليمية : شعبة البرامج المحافظاتية والخطة الخمسية
دائرة الدراسات الهيكلية : شعبة محاور التنمية وخطط أجزاء الأقاليم
دائرة التنسيق بين الأقاليم : شعبة الأقاليم السورية والدولية
7- مديرية التنمية الإدارية :
تتولى تطوير الأداء الإداري، وتطبيق نظام قياس الأداء الإداري، رفع كفاءة وفعالية الهيئة في تنفيذ مهامها، وتقديم خدماتها من خلال تطوير البنية التنظيمية وتبسيط الخدمات المقدمة، وتوثيق إجراءات العمل وتقييم فاعليتها وتحديثها بشكل مستمر، وتطوير إدارة الموارد البشرية، ونشر المعارف الإدارية ورفع مستوى الوعي الإداري والسلوك التنظيمي لدى العاملين.
دائرة الموارد البشرية : شعبة شؤون العاملين / شعبة التوصيف الوظيفي
دائرة التنظيم المؤسساتي : شعبة جودة الأداء الإداري / شعبة تبسيط الإجراءات
دائرة التدريب والتأهيل : شعبة التدريب الإداري / شعبة نشر المعرفة الإدارية
دائرة الديوان العام : شعبة المراسلات الإدارية / شعبة الأرشفة الالكترونية
دائرة الشؤون القانونية
8- مديرية التخطيط والتعاون الدولي :
تتولى تنظيم وتطوير علاقات الهيئة مع الأجهزة والوزارات والهيئات النظيرة في دول العالم ومع المنظمات الدولية المعنية بالتخطيط والتطوير الإقليمي المكاني وبالتنسيق مع وزارة الخارجية وهيئة التخطيط والتعاون الدولي.
دائرة التخطيط والإحصاء و المتابعة
دائرة التعاون الدولي والاتفاقيات
9- محاسبة الإدارة :
إدارة الشؤون المالية ويرأسها محاسب الإدارة الذي يُسمى بقرار من وزارة المالية عملاً بأحكام المرسوم التشريعي رقم /54/ لعام 2006
دائرة الشؤون المالية